性行為によって、クラミジア・トラコマチスという病原体が尿道や子宮頸管、咽頭、直腸などの細胞に感染することで起こります。女性は症状が出にくく約80％が無症状であるため、感染に気づかずにいるとパートナーに伝染してしまう可能性もあります。感染に心あたりがない場合、過去に性交渉を持った相手が保菌者であることが原因として疑われることもあり、感染経路を特定するのが困難なことも多いです。また分娩時における母子感染のケースもあります。女性におけるクラミジア感染は卵管炎や卵管周囲癒着などによる不妊症や流産、子宮外妊娠、骨盤腹膜炎（PID）を引き起こす可能性があります。

 治療は、抗菌剤の内服治療を行います。パートナー間で感染させ合う（ピンポン感染）おそれがあるため、パートナーも同時に治療を受ける必要があります。妊娠希望のある場合、卵管の疎通性（通っているか）を早期に確認することも重要です。