好発部位は卵巣、ダグラス窩（子宮と直腸の間のくぼみ）、仙骨子宮靭帯（子宮を後ろから支える靭帯）、
卵管や膀胱子宮窩（子宮と膀胱の間のくぼみ）などがあり、稀に肺や腸にもできることがあります。

 主なものに「痛み」と「不妊」があります。月経痛は子宮内膜症の患者様の約9割にみられ、月経時以外の腰痛や下腹痛、排便痛、性交痛などもみられます。
これらの症状は20～30歳代の比較的若い女性に多く発症し、加齢によるエストロゲン分泌の減少につれて軽快します。
また、子宮内膜症患者の30～50％が不妊、不妊症患者の25～50％に子宮内膜症が認められます。

 薬物療法と手術療法があり、症状の種類や重症度、年齢、妊娠の希望などを総合的に判断して最適な治療法を選択していきます。
痛みに対しては、主に鎮痛剤を使用します。効果が不十分な時はLEP（低用量エストロゲン・プロゲスチン配合薬）を用います。
GnRHアナログ製剤（アゴニスト・アンタゴニスト）や黄体ホルモン剤などが用いられ、
エストロゲンの分泌を抑えたり直接病巣に作用させたりして症状を緩和させます。

卵巣子宮内膜症性嚢胞（チョコレート嚢胞）などの病巣部が明らかな場合は、サイズが大きい場合や、画像診断などで悪性変化の疑いがある場合などは
手術を考慮します。妊娠を望んでいる場合は、病巣部のみを切除して子宮や卵巣の正常部分を残す手術を選択します。
妊娠を望まない場合には、病巣のみの摘出に加えて、子宮、卵巣および卵管などを摘出することもあります。